Lazaroni'nin ardından 7 Eylül 2006'da yeniden Trabzonspor'un başına getirilen teknik direktör Ziya Doğan, geride kalan 1 yıllık görev süresi boyunca ilk dönemdeki başarıları yakalayamayarak hayal kırıklığı yaşattı.
Doğan, Trabzonspor'da takımın başına ikinci kez getirildiğinde Beşiktaş'ı 3-2, ardından da Galatasaray'ı 3-1 mağlup ederek güzel bir başlangıç yapmıştı. Trabzonspor, UEFA Kupası'nda Osasuna'ya elenmesinin ardından kendini lige vermesine rağmen istenilen başarıları bir türlü yakalayamadı. Trabzonspor, Ziya Doğan yönetiminde 7. haftaya kadar 3 puana hasret kaldı ve söz konusu haftalarda sadece 1 puan alabildi. Tarihinin en kötü dönemlerinden birini yaşayan Trabzonspor, bu dönemde çöküşe geçti.
Doğan'dan beklediği verimi alamayan yönetim kurulu, hocasını bu dönemde tartışmaya başladı. 2006-2007 sezonunda olağan bir toplantı yaparak Doğan'ın takımın başında kalıp-kalmayacağını tartışmaya başlayan yönetim kurulu, ikiye bölündü. Bazı yöneticilerin aralarında problemler çıkarken, yönetim Asbaşkan Haşim Sayitoğlu ve Başkan Yardımcısı İbrahim Hacıosmanoğlu taraftarları olarak ikiye ayrıldı. Yaşanan bölünmenin Doğan'ın takımın başında kalıp kalmayacağıyla...