UEFA Avrupa Ligi 2 ve 3. Tur kuraları İsviçre'nin Nyon kentindeki UEFA Merkezi'nde çekildi. Galatasaray, İspanya'dan Atletico Madrid'le eşleşirken, Fenerbahçe, Fransa'dan Lille ile eşleşti.

Galatasaray ve Fenerbahçe statü gereği ilk maçlarını 18 Şubat 2010'da deplasmanda, rövanş maçlarını ise 25 Şubat 2010'da evinde oynayacak.

Fenerbahçe 3. Tur'a yükselmesi halinde Liverpool-Unirea Urziceni eşleşmesinin tur atlayanı ile Galatasaray ise Everton-Sporting Lizbon eşleşmesinin tur atlayanıyla eşleşecek.

UEFA Avrupa Ligi 2. Tur eşleşmeleri şöyle: