12 Eylül döneminde Abdullah Gül, Sakarya Üniversitesi'ndeki bir dinci örgütlenmeyle ilgili sorgulanırken, kardeşi de "Laik düzeni yıkmaya çalışmak" iddiasıyla yargılandı. İkisi de davalardan suçsuz bulundu.
Abdullah ve Hayrünnisa Gül, evlendikten sonra 3 hafta kadar Kayseri'de kaldılar, sonra İstanbul'a, Erenköy'deki kiralık evlerine gidip yerleştiler.
Orada bir gece kaldılar.
Daha bavullarını açmamışlardı.
Ertesi gün sabaha karşı 6'da kapıları çalındı.
Kapıdaki üsteğmen ordunun yönetime el koyduğunu söyledi, elindeki kağıdı gösterip Abdullah Gül'ü götürmeye geldiğini açıkladı.
Gece Bayrak Operasyonu başlayınca, güvenlik görevlileri ilkin Gül'ün asistan olduğu Sakarya Üniversitesi'ne gitmiş, idarecilerden birini çağırtarak Gül'ün ikametgahını bulmaya çalışmıştı. Orada, İstanbul'daki bekar evinin adresi vardı. O evi bastılar. Evlenip çıktığı yeni evin adresini aldılar. Ve kapıya dayandılar.
Gül şaşkınlıkla üstünü giyinirken Hayrünnisa Hanım bu kibar üsteğmene kahve pişirdi.
Üsteğmene, eşiyle yeni evlendiklerini, onu yalnız bırakamayacağını söyledi. Erenköy'de halasının kızı vardı. Eşini oraya bırakıp bırakamayacaklarını sordu; "olur"...