Selçuk, Ergenekon soruşturması kapsamında silahlı terör örgütünün üst düzey yönetici olma iddiasıyla gözaltına alınmış, sonrasında tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılmıştı.
Tedavi gördüğü Amerikan Hastanesi’nde vefat eden İlhan Selçuk 14 ağustos 2009 tarihinden bu yana konuşma bozukluğu ve kısmi felç nedeniyle tedavi görüyordu. İlhan Selçuk tedavisi nedeniyle, 11 Mart 2010 tarihinde vefat eden kardeşi Turan Selçuk’un cenazesine de katılamamıştı. Selçuk, kardeşinin vefatından 72 gün sonra vefat etti.
İlhan Selçuk Ergenekon soruşturmasının 5. dalga operasyonunda gözaltına alınmıştı. Selçuk, silahlı terör örgütünün üst düzey yöneticisi olduğu iddiasıyla tutuksuz yargılanıyordu.