Eski Özel Harekât Dairesi Başkanvekili ve Susurlukçu İbrahim Şahin, Ergenekon kapsamında tutuklanmadan önce çıkarıldığı savcılıkta, Genelkurmay Başkanı Orgeneral İlker Başbuğu'un bilgisi dahilinde ve Genelkurmay İletişim Daire Başkanı Tuğgeneral Metin Gürak'ın talimatıyla 150-300 arası asker ve polisten oluşacak S-1 adlı birimi oluşturmak üzere çalıştığını iddia etti.
Şahin'in bu iddiasına TSK'dan çok sert bir açıklama geldi. Genelkurmay Başkanlığından yapılan açıklamada, Türk Silahlı Kuvvetlerinin bir kurum olarak, yasa dışı faaliyetlerde bulunan kişi ve kurumlarla hiçbir ilişkisinin olamayacağı belirtilerek, ''Yargının kısır tartışmalar içine çekilmesinden çok büyük rahatsızlık duymaktayız. Yargı üzerinde şüpheler yaratılması, Türk adaletine karşı yapılabilecek en büyük kötülüktür'' denildi.