Ergenekon'un 2. iddianamesinde rektörlerin Jandarma Genel Komutanlığı'nda gerçekleştirilen toplantıda 2004 yerel seçimlerini de AKP'nin çoğunlukla alması durumunda ülkenin sonunun İran olacağını belirttikleri yer alıyor. Ordu ve üniversitelerin birer güç olduğunu belirten rektörler, "CHP'yi yanımıza çekmeliyiz" diyor.
İddianamede, Şener ERUYGUR'un Genel Başkanlığını yaptığı ADD Genel Merkezinde ele geçirilen (5) nolu CD içerisinde 19 Eylül 2003 tarihli toplantıya katılanlar ve toplantıya katılan rektörler tarafından gündeme getirilen konular yer alıyor. "Katılan rektörler" başlığı altında, İstanbul Üniversitesi, 9 Eylül Üniversitesi, Erzurum Üniversitesi, Malatya Üniversitesi, Trabzon Üniversitesi (KTÜ), Samsun Üniversitesi" ibarelerinin bulunduğu belirtilen iddianamede, "Yemekte rektörler tarafından gündeme getirilen konularda geniş bir şekilde yer alıyor.
Rektörlerin toplantıda dile getirdiği bazı konular şöyle; "28 şubat sonrası çıkarılan kararlar var 18 civarında, sadece 8 yıllık öğretim uygulanıyor onu da kadük etmeye çalışıyorlar. Neden o kararların üzerine gidilmiyor. Bir insan 12 yaşına kadar temel karakter ve bilinç sahibi oluyor....